海军工程大学前身是经毛主席亲自批准，于1949年11月22日建立的大连海军学校机械系，首任校长是时任海军司令员肖劲光大将。1954年开始独立办学，更名为海军机械学校，是人民海军第一所正规的高等学府，也是建国后第一所正规的海军军事高等院校。1960年组建海军工程学院，1961年接收原哈尔滨军事工程学院海军工程系部分专业，1963年被确定为全国重点大学，1969年从大连搬迁到武汉，1999年与原海军电子工程学院合并组建海军工程大学，被确定为全军五所综合大学之一。2004年原海军后勤学院并入大学。2017年7月22日，经习主席亲自批准，新调整组建的海军工程大学成立，2018年被确定为全军重点建设院校。

学校以建设世界一流海军院校，培育一流军事人才为目标，在长期的教学实践中，形成了“严谨、求实、拼搏、创新”的校风。学校承担海军31.5%本科和41.5%研究生教育培养任务，为海军培养了10万余名高素质军事人才，走出了近百位共和国将军和6名中国工程院院士，被誉为“海军军官的摇篮”。近年来，学校有7篇论文被评为全国优秀博士学位论文，5篇论文获得全国优秀博士学位论文提名奖，101篇论文被评为全军、海军、湖北省优秀博士论文。学校先后被评为军队“2110工程”整体条件建设先进院校、全军教学优秀单位、学员思想政治教育先进院校、科学发展观教学先进院校和全国绿化模范单位，被军队列为“双重”整体条件重点建设院校。

学校坚持以教员为办学之本，尊师重教，民主开放，激励创新，拥有一支以院士名师为龙头、学科带头人为中坚、优秀中青年骨干为基础，年龄、学历、学缘结构合理，政治、军事、业务素质优良的师资队伍。具有高级职称的教师共500余人，占全校教员总数近40%，其中90%以上具有硕士以上学历，50%以上具有博士学历。在这支人才荟萃的师资队伍里，有中国工程院院士、全国人大代表、中央委员、八一勋章获得者马伟明教授，有中国工程院院士、全国政协委员、全国优秀科技工作者何琳教授，有长江学者特聘王东教授，有“中国青年五四奖章”获得者肖飞教授，有中共十九大代表、被国家人社部授予“有突出贡献中青年专家”荣誉称号的鲁军勇研究员，有“全国模范教师”陈少昌教授，有“全国三八红旗手”张晓研究员，有国家第三批“万人计划”入选者龚耘教授，有全国道德模范、全国拥政爱民模范、一等功荣立者官东。近60人次被评为全国、全军优秀教师。“电力系统电磁兼容创新体”入选国家级创新研究群体，“电力集成创新团队”获得“全国创新争先奖”团队奖，舰艇降噪、装备保障等专业团队获得军队科技创新群体奖等荣誉称号。