在急性期，患者往往会遭遇高热、剧烈的关节疼痛，还可能伴随肌肉疼痛、头痛等症状。

康复治疗师开展床旁早期康复，利用医用冷疗仪对症状关节进行冷喷降温，减轻关节及周围组织的肿胀和疼痛；应用经皮神经电刺激，通过电流刺激神经，阻断疼痛信号的传递，快速缓解患者的疼痛感。利用低强度脉冲超声波来减少炎症、疼痛和关节僵硬；应用无热量超短波的消炎止痛作用来控制急性炎症、缓解疼痛。

进入亚急性期，患者的发热和急性疼痛症状逐渐减轻，但可能仍存在关节乏力、活动受限、肌肉力量下降等问题。这一阶段的康复治疗重点在于恢复关节的正常活动范围、增强肌肉力量和改善身体的耐力。

康复治疗师会为患者制定个性化的运动计划，包括应用物理因子治疗疼痛；对关节进行主动和被动活动训练，以逐步扩大关节活动度；通过抗阻训练来增强肌肉力量，比如使用弹力带进行训练；还会安排适当的有氧运动，如慢走、骑自行车等，帮助提高患者的心肺功能和身体耐力，让患者能更好地回归日常生活。

当基孔肯雅热发展到慢性期，部分患者会出现持续的关节疼痛、肿胀和功能障碍，治疗手段包括关节松动术，以改善关节的活动功能；通过专业的康复训练增强关节周围肌肉的稳定性，减轻关节负担。

同时，还会结合物理因子治疗如超声波、蜡疗、超激光疼痛治疗、冲击波等，促进局部血液循环，缓解慢性炎症。此外，康复医学科还可通过非侵入性神经调控技术如经颅直流电刺激（tDCS）和经颅磁刺激（TMS）有效改善中枢或外周敏化、中枢失抑制的情况，从而有效改善疼痛；康复医师利用肌骨超声引导下注射技术开展PRP、药物精准注射，小针刀松解等操作技术；还会对患者进行生活方式指导，教患者如何在日常生活中保护关节，避免过度使用，从而减轻疼痛，提高生活自理能力。