薇甘菊防治主要采用人工持续清除、特定药剂化学防治、替代防治等方法。在不同环境中，防治方法的选择，应坚持因地制宜、适地适法和保护生态相结合的原则。
鉴于薇甘菊的根、茎被折断后遇土遇水可以重新复生为新个体的特性，一般不提倡采用偶尔人工清除的方法进行防治。但对于散生或零星发生，以及管理强度较大的菜地、苗圃等化学防除可能会影响其他植物生长的情况，宜采用人工连续清除方法进行，将薇甘菊连根拔起。薇甘菊铲除后不可散置地面，要集中堆放和销毁，防止复发、传播。防治时应尽可能选择彻底杀死薇甘菊根的药剂，可选用紫薇清（24%滴酸·二氯吡水剂）1000-1500倍液、益霖薇净（24%氨氯吡啶酸水剂）1000-1500倍液等药剂。在菜地、农田、花卉苗圃、水源周边的区域，可采用灭薇净(18％2,4-滴微乳剂)进行防治，一般情况每亩用灭薇净制剂100-120mL，加水量为80L/亩（配制成750-800倍浓度药液）。有两种方法施药：一是脱下胶管上的喷枪，把输药胶管放在有薇甘菊生长的周边地面上，以一平方为一次流灌点，让药液自然流出湿润周边土壤，看地面湿润均匀程度而转移流灌点；二是把喷枪出口水压调至最低成自流状水柱，喷枪垂直向下枪口朝地面灌注法施药。不用喷雾法施药，避免药液雾珠漂吹接触蔬菜、花卉、药材及林果苗。施药时间一般在薇甘菊营养生长盛期，以6-11月为最佳施药期。在水源地、菜地、农田和苗圃周边林缘地，可先对局部区域定向喷洒专用药剂杀灭薇甘菊，2个月后种植幌伞枫、血桐、凤凰木、海南蒲桃等树木，实现用乔木树种快速占领生境，并遏制薇甘菊的生长和繁殖，达到防治目的。
